Мануалы и справочники Общие команды
bedtools

Команда bedtools: опции, ключи и примеры использования

bedtools

Швейцарский нож для задач генетического анализа. Используется для пересечений, группировки, преобразования и подсчета данных в форматах BAM, BED, GFF/GTF, VCF.

  • Находит пересечение двух файлов в отношении цепочки последовательностей и сохраняет результат в {{путь/к/выходному файлу}}:

bedtools intersect -a {{путь/к/файлу_1}} -b {{путь/к/файлу_2}} -s > {{путь/к/выходному файлу}}

  • Пересечение двух файлов с левым внешним вхождением (left outer join), т.е. выводит каждую особенность из {{файла_1}} и NULL если нет перекрытия с {{файлом_2}}:

bedtools intersect -a {{путь/к/файлу_1}} -b {{путь/к/файлу_2}} -lof > {{путь/к/выходному файлу}}

  • Использует более эффективный алгоритм для пересечения двух отсортированных файлов:

bedtools intersect -a {{путь/к/файлу_1}} -b {{путь/к/файлу_2}} -sorted > {{путь/к/выходному файлу}}

  • Группирует файл {{путь/к/файлу}}, основываясь на первых трех и пятой колонках, при этом обобщает и суммирует элементы в шестой колонке:

bedtools groupby -i {{path/to/file}} -c 1-3,5 -g 6 -o sum

  • Преобразует файл в формате bam в формат bed:

bedtools bamtobed -i {{путь/к/файлу}}.bam > {{путь/к/файлу}}.bed

  • Для каждой особенности из {{файла_1}}.bed ищет ближайщую из {{файла_2}}.bed и записывает расстояние между ними в дополнительную колонку (входные файлы должны быть отсортированы):

bedtools closest -a {{path/to/file_1}}.bed -b {{path/to/file_2}}.bed -d

Также может быть вам интересно:

bc

Калькулятор с произвольной точностью. Запускает калькулятор в интерактивном режиме с…

Читать »

bg

Возобновляет задания, которые были приостановлены (например, с помощью Ctrl +…

Читать »
Фото Microsoft открывает исходники, а её IDE супер-популярна

Microsoft открывает исходники, а её IDE супер-популярна

Решил сложить пару фактов и немного над этим поразмыслить. Реально ли Microsoft "переобулись"?

Фото Пример своей консольной команды в Django проекте

Пример своей консольной команды в Django проекте

Если вы работали с Django проектом, то, скорее всего, запускали команды из консоли (manage.py). В Django есть простой способ писать свои команды для управления проектом.

Фото Как на Bash посчитать число строк в проекте (директории)

Как на Bash посчитать число строк в проекте (директории)

Ниже будет представлен однострочник, решающий данную задачу на Bash + пошаговое описание его работы.

Фото И снова sudo, и снова "решето"

И снова sudo, и снова "решето"

В утилите sudo была исправлена очередная уязвимость.

Фото Как установить часовой пояс в Linux

Как установить часовой пояс в Linux

В рамках первичной настройки Операционной Системы важно установить и по какому времени вы живёте, ведь при следующем обновлении времени через Интернет ваше время слетит.

Фото Как найти самые большие папки и файлы в Linux

Как найти самые большие папки и файлы в Linux

Когда кончается место на жестком диске, возникает закономерный вопрос: на что же оно было потрачено, какие файлы разрослись больше положенного?

Фото Команда grep – полезные ключи и примеры использования

Команда grep – полезные ключи и примеры использования

У команды "grep" довольно много различных особенностей. особенно, если учесть, что с английского это "решето" – а что может войти в решето , не факт что выйдет!

Фото Как создать неизменяемый файл в Linux / MacOS / FreeBSD

Как создать неизменяемый файл в Linux / MacOS / FreeBSD

Само собой, root может всё (если введёт пару команд), однако, это вполне легальный способ запретить изменение файла.