Мануалы и справочники Общие команды
bedtools

Команда bedtools: опции, ключи и примеры использования

bedtools

A swiss-army knife of tools for genomic-analysis tasks. Used to intersect, group, convert and count data in BAM, BED, GFF/GTF, VCF format.

  • Intersect two files with respect to the sequences' strand and save the result to {{path/to/output_file}}:

bedtools intersect -a {{path/to/file_1}} -b {{path/to/file_2}} -s > {{path/to/output_file}}

  • Intersect two files with a left outer join, i.e. report each feature from {{file_1}} and NULL if no overlap with {{file_2}}:

bedtools intersect -a {{path/to/file_1}} -b {{path/to/file_2}} -lof > {{path/to/output_file}}

  • Using more efficient algorithm to intersect two pre-sorted files:

bedtools intersect -a {{path/to/file_1}} -b {{path/to/file_2}} -sorted > {{path/to/output_file}}

  • Group file {{path/to/file}} based on the first three and the fifth column and summarize the sixth column by summing it up:

bedtools groupby -i {{path/to/file}} -c 1-3,5 -g 6 -o sum

  • Convert bam-formated file to a bed-formated one:

bedtools bamtobed -i {{path/to/file}}.bam > {{path/to/file}}.bed

  • Find for all features in {{file_1}}.bed the closest one in {{file_2}}.bed and write their distance in an extra column (input files must be sorted):

bedtools closest -a {{path/to/file_1}}.bed -b {{path/to/file_2}}.bed -d

Также может быть вам интересно:

beanstalkd

A simple and generic work-queue server. More information: https://beanstalkd.github.io/. Start…

Читать »

behat

A PHP framework for Behaviour-Driven Development. More information: https://behat.org. Initialise…

Читать »
Фото Так ли безопасен Linux? Несколько коммитов с уязвимосятми в stable

Так ли безопасен Linux? Несколько коммитов с уязвимосятми в stable

Исследователи сумели пройти code-review с реквестами в ядро Linux, заведомо содержащими добавление уязвимостей.

Фото Microsoft открывает исходники, а её IDE супер-популярна

Microsoft открывает исходники, а её IDE супер-популярна

Решил сложить пару фактов и немного над этим поразмыслить. Реально ли Microsoft "переобулись"?

Фото Пример своей консольной команды в Django проекте

Пример своей консольной команды в Django проекте

Если вы работали с Django проектом, то, скорее всего, запускали команды из консоли (manage.py). В Django есть простой способ писать свои команды для управления проектом.

Фото Как на Bash посчитать число строк в проекте (директории)

Как на Bash посчитать число строк в проекте (директории)

Ниже будет представлен однострочник, решающий данную задачу на Bash + пошаговое описание его работы.

Фото Как на Bash получить файлы, изменённые за сегодняшний день

Как на Bash получить файлы, изменённые за сегодняшний день

Bash имеет огромные возможности по программированию/скриптованию и администрированию операционной системы. Не важно: Linux это, FreeBSD, или MacOS – на Bash можно сделать многое.

Фото Как установить часовой пояс в Linux

Как установить часовой пояс в Linux

В рамках первичной настройки Операционной Системы важно установить и по какому времени вы живёте, ведь при следующем обновлении времени через Интернет ваше время слетит.

Фото Как найти самые большие папки и файлы в Linux

Как найти самые большие папки и файлы в Linux

Когда кончается место на жестком диске, возникает закономерный вопрос: на что же оно было потрачено, какие файлы разрослись больше положенного?

Фото Команда grep – полезные ключи и примеры использования

Команда grep – полезные ключи и примеры использования

У команды "grep" довольно много различных особенностей. особенно, если учесть, что с английского это "решето" – а что может войти в решето , не факт что выйдет!