Швейцарский нож для задач генетического анализа. Используется для пересечений, группировки,…
Швейцарский нож для задач генетического анализа. Используется для пересечений, группировки, преобразования и подсчета данных в форматах BAM, BED, GFF/GTF, VCF.
bedtools intersect -a {{путь/к/файлу_1}} -b {{путь/к/файлу_2}} -s > {{путь/к/выходному файлу}}
bedtools intersect -a {{путь/к/файлу_1}} -b {{путь/к/файлу_2}} -lof > {{путь/к/выходному файлу}}
bedtools intersect -a {{путь/к/файлу_1}} -b {{путь/к/файлу_2}} -sorted > {{путь/к/выходному файлу}}
bedtools groupby -i {{path/to/file}} -c 1-3,5 -g 6 -o sum
bedtools bamtobed -i {{путь/к/файлу}}.bam > {{путь/к/файлу}}.bed
bedtools closest -a {{path/to/file_1}}.bed -b {{path/to/file_2}}.bed -d